东渡港区位于厦门岛狐尾山西麓,历史悠久,自宋、元、明三朝以来就设有官渡,与西岸的嵩屿对渡,因此得名东渡。在清朝时期,这里被称为“排头门小口”,设有专门机构稽查往来货物,并验明后给单,转报厦门关正口征税。
中华人民共和国成立后,厦门口岸的吞吐量逐年增长,老港区已无法满足进出口货物的海上运输需求。因此,1974年经福建省交通厅批准,开始筹建东渡新港区。第一期工程于1976年正式动工,共建有4个深水泊位。1982年7月,其中2个泊位试投产,一艘利比亚籍2.7万吨级浪峰轮载阿根廷散装小麦2.3万吨,首次停靠该港区二号泊位。1984年12月,东渡港区第一期工程的4个泊位验收合格并正式投入使用,工程总投资达到了2.5亿元。
为了进一步扩大港区的吞吐能力,1986年4月,国家计委批准了东渡港区二期工程建设项目建议书。1989年10月,二期工程的水工部分正式开工,并于1994年12月竣工。二期工程包括新建4个深水泊位,其中有一个3.5万吨级的集装箱泊位,年吞吐能力为10万个标准箱;有两个2万吨级的件杂货泊位,设计年吞吐能力为100万吨。此外,还有一个2.5万吨级的煤炭码头,设计年吞吐能力为150万吨。这些泊位的码头岸线总长达703米,前沿水深为12.2米,工程结构为重力式实心钢筋混凝土方块结构。而那个2.5万吨级的煤炭码头,其码头岸线长270米,前沿水深为10米,工程结构为高桩梁板结构。整个东渡二期工程的投资总额为5.8亿元人民币,其中厦门市政府向世界银行贷款了3600万美元。